Timothy war von Anfang an und bis zum Ende ein Verfechter des Biohackings. Er untersuchte alle arten von Bewustseinsveränderungen durch verschiedene Chemische Stoffe im menschlichen Gehirn.
Sein PR-Slogan war dabei: Turn on, Tune in, Drop out! (Turn on: „Finde ein Sakrament, das Dich zu Gott bringt und zu Deinem eigenen Körper; geh über Dich hinaus, verwandle Dich!“ - Tune in: „Bleibe wiedergeboren, drücke es aus, beginne ein neues Leben, das Deine Visionen widerspiegelt!“ - Drop out: „Befreie Dich vom äußeren Drama, das so ausgehöhlt und leer ist wie eine TV-Show!“)
Anders als bisherige Forscher beführwortete er explizit die Erfahrung und die Möglichkeiten als Open Source für alle Zugänglich zu machen und wandte sich damit ab von den geheimbündlereischen Tendenzen des damaligen Wissenschaftsbetriebs.
Timothy Leary sah psychedelische Drogen als Mittel zur Neu-Programmierung des Gehirns, d.h. (in seiner Terminologie) der Aufhebung vorhandener Prägungen und der gleichzeitigen Öffnung für neue Prägungen. Leary betonte den Einfluss von Set (innere Einstellung des Konsumenten zum Zeitpunkt des Rausches), Setting (Umgebung und Umfeld bei der Sitzung) und Dosis, auf den Wirkungsverlauf halluzinogener Drogen. Nach Leary kann durch günstiges Set und Setting das Entstehen von Psychosen durch Psychedelika verhindert werden. Leary hat also niemals einen unkontrollierten Drogenkonsum gutgeheißen (auch wenn er so missverstanden wurde), welcher schnell fatale Folgen zeigen kann (Psychosen, Suizide). Vielmehr verlangte er einen verantwortungsvollen Umgang mit Drogen und befürwortete Experimente unter professioneller Führung. Ferner gab er angehenden Psychonauten folgenden Rat:
"Acid is not for every brain - only the healthy, happy, wholesome, handsome, hopeful, humorous, high-velocity should seek these experiences. This elitism is totally self-determined. Unless you are self-confident, self-directed, self-selected, please abstain."
(Deutsch: „LSD ist nicht für jedes Gehirn etwas - nur die Gesunden, Glücklichen, Schönen, Hoffnungsvollen, Humorvollen und Agilen sollten nach einer solchen Erfahrung suchen. Dieser Elitismus ist gänzlich selbstbestimmt. Wenn du nicht selbstbewusst, selbstgesteuert, selbstbestimmt bist, lass es bitte.“)
Leary formulierte in diesem Zusammenhang die Zwei Gebote für das Molekulare Zeitalter:
1. Thou shalt not alter the consciousness of thy fellow men.
(Deutsch: Du sollst das Bewusstsein deines Nächsten nicht verändern.)
2. Thou shalt not prevent thy fellow man from altering his or her own consciousness.
(Deutsch: Du sollst deinen Nächsten nicht daran hindern, sein oder ihr Bewusstsein zu verändern.)
Diese Sätze sind aber durchaus nicht nur in Bezug auf den Gebrauch von Drogen zu verstehen, sie beziehen sich auch auf die Manipulation durch Massenmedien, Politiker und Gruppenzwang. Sie sind die biologische Entsprechung der Hackerethik